| シャペロン | DnaK （基質結
合ドメイン） DnaK （ATPaseドメイン） |
| Calmodulin Dependent Kinase II | CamKII gamma キナ
ーゼドメイン CamKII alpha, association domain |
| シャペロン (AAA+スーパーファミリー) | ClpP |
| 活性酸素防御系 | AhpC peroxiredoxin |
| 脱リン酸化酵素 | PP2C型ホスファター
ゼ （細菌由来酵素だが哺乳動物と相同性はあるだろうか） |
| メチル化酵素 | メチル化酵素DNA複合
体 （細菌由来酵素だが哺乳動物と相同性はあるだろうか） |
| b-sheetだけからなるタンパク質の例 | Immunoglobulin (IgG) 抗体 |
| a-helixだけからなるタンパク質 | Interferon-g |
| a-helixとb-sheetからなるタンパク質の例 | Lysozyme リゾチーム |
| タンパク質の四次構造の例 | Hemoglobin ヘモグロビン |
| ドメインの繰り返しからなるタンパク質の例 | Immunoglobulin (IgG) 抗体 |
| a-helixとb-sheetのドメインからなるタンパク 質の例 | HSP70 (dnaK)ヒートショックタンパク |
| DNA結合ドメインの例１ | Leucine zipperロイシンジッパー |
| DNA結合ドメインの例２ | 434 cro |
| タンパク質とタンパク質の複合体及びリン酸化 | CDK2&cyclin A |
| 抗体と抗原複合体（分子認識） | IgGとウイルス由来ペプチド |
| MHCと抗原とT細胞受容体（分子認識） | クラスI MHCとペプチド |
| HIV proteaseとAIDS薬の探索 | HIV protease |
| 制限酵素（なぜ認識配列は回文構造か） | Bam HI |
| アミノアシルtRNA合成酵素はどのようにtRNAを見分けるのか | アスパラギン酸tRNA |
| 分子擬態 molecular mimicry | EF-G+tRNAとEF-tu |
| GPCR | βアドレナリン受容体 |