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＜例＞
>sp:ACMA_LACLA [Q9CIT4] Probable N-acetylmuramidase precursor
MPVSRIKVKNRHLKKKAKKPLAFYKPATKFAGAVLIAGTLTTTHELLLQQTSPMVQAATN
STEAFIESIAASAKPVADSNGLYPSVMIAQAILESNWGSSQLSRAPYYNLFGIQGTYQGK
| ステップ | 使用するサイト | |
| ステップ 1 | 未知の塩基配列が与えられる。（今回はmRNAの配列であることは既知とする。） | 未知配列 |
| ステップ 2 | 塩基配列をアミノ酸配列に変換する | EBI ORF finder Translate |
| ステップ 3 | 得られたアミノ酸配列（タンパク質）はどのようなタンパク質か。類似タンパク質をデータベース検索する （ステップ２で配列が得られなかった場合はここからコピー） | BLAST（ゲノムネット） BLAST（遺伝研） BLAST (NCBI) |
| ステップ 4 | 類似タンパク質の配列を比較する | Clustal W（ゲノムネット） Clustal W（遺伝研） |
| ステップ 5-1 | モチーフを調べる1 | Motif |
| ステップ 5-2 | モチーフを調べる2 | InterProScan |
| ステップ 5-3 | モチーフを調べる3 | pfam (France) pfam (UK) |
| ステップ 6 | ドメインを調べる | PROSITE |
| ステップ 7 | 膜蛋白質を調べる | SOSUI |
| ステップ 8 | 局在性を調べる | SLPFA |
| ステップ 9 | 立体構造を調べる | PDB PDBj |
この授業の最終目標は、自分の興味がある事項に関して、
を明らかにすることである。（最後にレポートとして提出する）
最初に準備するもの
例えば
病気： disease, syndrom
肥満：obesity
ガン：cancer
腫瘍：tumor
などを用意する。（英語のみ、ゲノムネットのLSD辞書を利用すると良い）
最初は例に従って遺伝子を探してみる。