CDK (Cyclin Dependent Kinase)
kinaseとは、タンパク質分子中のセリン、スレオニン、あるいはチロシンの-OHにリン酸を転移する（リン酸化）酵素のこと。タンパク質のリン酸化は、生体反応の情報伝達においてリレーのバトンのような働きをしている。
CDK2とCyclin Aは、細胞周期のＳ期の開始を司っている。
CDK2は以下の条件が揃うとkinaseとしての活性がオンになる。
CDK2の配列情報をGenBankで見る。Cyclin Aの配列情報を見る。
- サイクリンAが結合する。
- 160番のスレオニンがリン酸化を受ける。 ,
- 別の場所で脱リン酸化がおこる。
では、上の三つの条件がそろうとCDK2には何が起こるのか？
----->構造の変化により活性部位の入り口が開く。
その違いを立体構造で見てみよう。
- 二種類の構造ファイルをダウンロードする。一つはリン酸化されてないCDK2、もうひとつはリン酸化されたCDK2。
- Raswinを起動しリン酸化されていないCDK2(1fin(CDK-cyclinA).pdb)の構造ファイルを開く。(Fileメニューからopenを選択)
- デスクトップ画面の下辺にあるメニューバーからCommand Line windowをクリック。
-
>select amino
>wireframe off
>backbone 60
（数字の40は線の太さを示すので自分の好みで変えてよい。またbackbone 60の代わりに>cartoonでもよい。好みに応じて。)
>color chain
（ここで見えているのは、二組のCDK2とCyclineAの複合体である。ATPが結合しているのがCDK2である。）
>select atp
>wireframe 60
（kinaseという酵素は、ATPのリン酸を別のタンパク質に移してリン酸化を行う。）
>select 158-165
>color magenta
（赤い色を付けた部分が活性部位をふさいでいる。次に見るリン酸化されたCDK2の場合とどう違うか比べる。） - リン酸化されたCDK2(1jst(CDK-cyclinA-P).pdb)のファイルをあける。Raswinを二つ起動して同時に見比べてみるとよい。
上と同様にして158-165のアミノ酸の部分を赤く色づけてみる。160番目のスレオニンがリン酸化されている。
リン酸化されていないCDK2では158から165番目の鎖がリン酸化されたものに比べ上の方にあがっており、活性部位をふたしているのが観察される。Shiftキーを押しながら、左ボタンを押しながらマウスを動かすと分子モデルの拡大・縮小ができる。