DNA結合ドメイン

ドメインとは

DNA結合タンパク質

染色体DNAに結合し、染色体の高次構造を維持する	ヒストン
二本鎖DNAに結合し、遺伝子の発現調節に関わる	転写因子
二本鎖、一本鎖DNAに結合し、切断・修復などを行う酵素	制限酵素
一本鎖DNAに結合し、複製、修復、組み替えなどに関わる	SSB
DNAの構造・トポロジー変化を触媒する	DNAヘリカーゼなど

ドメインタイプ	コンセンサス配列
zinc finger C2H2 type	C-x(2,4)-C-x(3)-[LIVMFYWC]-x(8)-H-x(3,5)-H
helix-loop-helix	a
helix-turn-helix	a
bZIP (basic leucine zipper)	L-x(6)-L-x(6)-L-x(6)-L
homeo domain	a

DNA結合ドメインの例１：ロイシンジッパー

• 構造ファイルをダウンロードする。
• Raswinを起動しファイルを開く。(fileメニューからopenを選択)
• デスクトップ画面の下辺にあるメニューバーからCommand Line windowをクリック。
• Command line windowに次のように入力していく。各行の最後にEnterキーを押す。各コマンドの入力により何が起こっているか分子モデルを観察すること。
  >select amino
  >wireframe off
  >backbone 60
  >select leu
  >color cyan
  >wireframe 60
  >select arg, lys
  >color magenta
  >wireframe 60
  

DNA結合ドメインの例２：ヘリックス-ターン-ヘリックス

• 構造ファイルをダウンロードする。
• Raswinを起動しファイルを開く。(fileメニューからopenを選択)
• デスクトップ画面の下辺にあるメニューバーからCommand Line windowをクリック。
• Command line windowに次のように入力していく。各行の最後にEnterキーを押す。各コマンドの入力により何が起こっているか分子モデルを観察すること。
  >select amino
  >wireframe off
  >backbone 60
  
  構造からもわかるようにこのタンパク質は二量体をとって安定に存在する。