ABCC11とは何かを調べる。

http://www.genome.jp/　にアクセス

Search ボックスに　ABCC11　と入力　（図）　をクリック

出てきたページから、OMIMの一つを選んでみる。

OMIMとはOnline Mendelian Inheritance in Manの略

遺伝子と人の遺伝的特徴（病気を含む）の関係が説明されている。

次に戻って、Orthology　からK05671をクリックしてみる。

このページ（図）から、ABCC11は限られた種で確認されている。どのような種か。

もとのページに戻って、KEGG GEBESのトップにあるhsa:85320をクリック。

humanのABCC11遺伝子の配列情報などが出てくる。

Pathwayからリンクをクリックしてみる。

リンク先のページ、右下にトランスポーターの模式図がある。

戻って、次にMotifを調べる。

PROSITEとある行の、赤丸のリンクをクリック。リンク先のページ、一番下。

PROSITEデータベースのIDをクリック。

ABCC11はATP-binding cassette, ABC transporterのコンセンサス配列を持つことがわかる。タンパク質機能の推定ができる。PROSITEはコンセンサス配列をもとに、タンパク質機能を解説するデータベース。

元に戻って、ABCC11のアミノ酸配列を確認。1382残基からなる大きなタンパク質。赤丸部分をクリック。

リンク先のページにFASTAフォーマットのABCC11のアミノ酸配列が表示される。この配列と相同性をもつ遺伝子を検索する。

配列をコピー。（一行目の>記号からコピーのこと）

新しいウィンドウまたはタブで、http://blast.genome.jpにアクセス。

“Sequence data”のボックスにコピーして”Compute”をクリック。

Blast検索の結果、ABCC11はどのような種に保存されていたか。Orthologyのページ結果と同じであったか。

またABCC11と相同性を持つ遺伝子はなんであったか。

左のチェックボックスのうち、ptr, mccのみをえらび、上のプルダウンメニューからClustalWを選んでExecをクリック。

得られた結果をみると人、チンパンジー、マカカザルのABCC11は非常に保存されている。

整列スコアが、人とチンパンジーでは98.5%, 人とマカカザルでは91.6%。

次に戻って、人と犬、オポッサムで比べてみると、

スコアが低くなった。アミノ酸の数も違う。

もう一度Blast検索の結果を見てみると、９番目にABCC12という遺伝子がヒットしている。ABCC11のオーソログ。この二つでClustalWをかけてみると、

スコアがかなり低いことがわかる。

今度はABCC12について調べてみる。

Blast検索ページについて

http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgiにアクセス

protein blastをクリック

FASTフォーマットの配列を貼り付けて、BALSTボタンをクリック。

検索中の画面がしばらく続いた後、

クエリーのコンセンサス配列（ドメイン）が図示される。