RNA polymeraseを例に取って調べてみる

RNA polymeraseの遺伝子はどれくらい種類があるのだろうか

DBGET->PIRでkeywordにRNA polymeraseを入れてみる。

生物の高等になるほどRNA polymeraseを構成するサブユニットが増えていく。

遺伝子（タンパク質）を選んで、BLASTを行う。 　
• ファージ (Phage) を選んでみる。
  
• 大腸菌 (Escherichia coli) を選んでみる。
  　　　　
• ヒト (human) を選んでみる。
  

どのような生物から類似遺伝子（タンパク質）がヒットしたか。

例えば、172. pir:A32618 のヒト由来23Kサブユニットを選んでBLASTをかけてみると、マウス (mouse) とは非常に相同性が高く、ほとんど同一。ショウジョウバエ (Drosophila melanogaster) や 線虫 (Caenorhabditis elegans) とも相同性が高い。さらには シロイヌナズナ (Arabidopsis thaliana) や酵母 (Saccharomyces cerevisiae) とも相同性があることが分かる。
人間の遺伝子が植物や線虫、昆虫と高い相同性を示すのはなぜだろうか。

pir:A32618 (human)
gp:AK015823_1 (mouse)
gp: AE003828_39 (Drosophila)
gp: CELH27M09_4 (elegans)
pir: T51950 (Arabidopsis)
gp: S59774_2 (Saccharomyces)
以上の６つのタンパク質についてclustalWでアラインメントを取ってみよう。

アラインメントの結果からどのようなことが分かるだろうか。

ClustalW Resultの見方について

CDK2 (Cyclin dependent kinase 2) のホモログはどれくらいあるのだろうか。

DBGET->pir->keyword: cdk2 human

CDK2(CDK2_HUMAN), CDK5(CDK5_HUMAN), CDK6(CDK6_HUMAN), CDK7(CDK7_HUMAN), CDK3, CDK4, CDK9を拾ってClustalWでアラインメントを取ってみる。

ヒト以外の生物にはCDKあるいはその類似蛋白質は存在するのか。検索し、アラインメントを取って考察してみる。

続いてCDK2をMotif検索してみる。Motifの結果とアラインメントの結果から言えることは何か