RasMolの使い方を練習する

• 最初にダウンロードしたRasMol (rw32b2a.exe) のアイコン（３つの球が三角形を作っている）をダブルクリックして起動する。
  
  背景が黒い四角のウィンドウが表れる。(Main Window)

• FileメニューからOpenを選択し、新たにでてきたウィンドウの中から 1bit.pdb を選択し、Openをクリック。
  
  Main Windowに酵素のトリプシンの構造がでる。

• Main windowの上にカーソルを置いて、マウスの左ボタンを押しながらマウスを動かす。
  
  トリプシンの分子がマウスとともにいろいろな方向に回転する。

• Shiftキーを押しながら左ボタンを押してマウスを動かす。
  
  分子の大きさが変わる。

• 右ボタンを押しながらマウスを動かす。
  
  分子が平行移動する。

• DisplayメニューやColoursメニューから適当に選んで、何が起こるか試してみる。

• パソコン画面の一番下にあるメニューバーからRasMol Command Lineをクリック。
  
  テキスト入力画面が表れる。Main Windowを前に持ってきておく。

• DisplayメニューでBackboneを選んでおく。ColoursメニューでCPKを選んでおく。
  キーボードから以下のコマンドを入力しながら、画面上で何が起こっているかを見る。Command Lineのウィンドウは前になくても良い。
  

  入力するコマンド	コマンドの意味
  select trp (Enter)	タンパク質中のすべてのトリプトファンを選択（画面には変化なし）
  color magenta (Enter)	選択されたものの色をマゼンタにする
  wireframe 100 (Enter)	選択されたものをワイヤーフレーム表示する、太さが100
  dots (Enter)	選択されたもののファンデルワールス半径をドットで表示

  応用

  • トリプトファン以外のアミノ酸を選んでみる。アミノ酸の３文字表記

  • マゼンタ以外の色（white, cyan, blue, red, yellow, green, orange)

  • ワイヤーフレーム以外の表示法 (spacefill, backbone, cartoons, ribbon, etc)

  • dots 200, dots 300と数字を変えることで点の密度を変えられる。

  以上で練習は終わりです。

  次はもどっていろいろな分子の立体構造を見る。