当楽団の歴史を振り返ってみると、それは昭和3年にまでさかのぼる。当時、東京農業大学予科1年生であった石川憲治氏、奥野菊郎氏により結成され、音楽部として最初の一歩が踏み出されたのである。(この音楽部とはオーケストラだけでなく、ピアノ、合唱など様々な音楽活動をする部活であった)音楽学校より指導者を招き、部員も少しずつだが増え、昭和7年に記念すべき第1回の演奏会が小石川伝導会館講堂にて行われた。

昭和13年には当時新交響楽団(現NHK交響楽団)の加藤為三郎氏を指揮者に迎え、日本青年館にて第10回定期演奏会を行った。 戦時～戦後、大学が青山から世田谷に移り、クラブ活動の中止、部員の減少などの様々な問題に直面したが、部内を器楽班、合唱班と新たに組織し直すとともに、指導者加藤為三郎氏の尽力および部員の努力により昭和33年に日本青年館において第18回定期演奏会を行い、戦後の沈滞の殻を打破し、再び精力的に活動を再開した。 昭和42年には部員数も100名を数え、40周年記念第26回定期演奏会で『フィンランディア』合唱付きの本邦初演を行った。
　以後農大音楽部は発展の一途をたどり、昭和45年にはオーケストラと合唱の一体化の困難から両団の充実発展のためにも独立して活動を行うようになり、昭和47年以後は正式に農友会管弦楽部、農友会混声合唱部として新たに出発し、ここに現在の管弦楽部が誕生したのである。

昭和56年第40回記念定期演奏会にはベートーベン『交響曲第9番―合唱付き－』を行うなど活発な活動を続け、平成20年にはミューザ川崎シンフォニーホールにて、第90回記念定期演奏会を開催する運びとなり、サン＝サーンス『交響曲第3番（オルガン付き）』を演奏し大好評となった。 また、平成25年には第100回記念定期演奏会を東京芸術劇場にて開催、1711名もの方にご来聴いただき、マーラー/交響曲第１番「巨人」を演奏し大盛況のうちに幕を閉じた。
　以後現在も年2回の演奏会を目標とし、部員一同、日々練習に励んでいる。